infos.ro

Elevul de liceu este primul care secvențiază genomul peștilor înger

Autor:, www.newscientist.com

Indeever Madireddy, în vârstă de 17 ani, a secvențiat genomul animalului său de pește-înger după ce acesta a murit – prima dată când această specie a fost secvențializată


Viaţă


21 octombrie 2022

Într-adevăr, Madireddy

Indeever Madireddy și acvariul lui

Într-adevăr, Madireddy

Un elev de liceu de 17 ani din California a secvențiat genomul peștelui-înger de apă dulce (Pterophyllum scalare) pentru prima dată.

Indeever Madireddy a secvențiat genomul animalului său de pește înger Calvin, după ce acesta a murit în martie a acestui an. „Deși peștele meu era mort, am vrut să-l păstrez pentru totdeauna”, spune el. „Așa că am decis să secvențiez genomul peștelui-înger cu speranța că voi putea contribui cu aceste informații comunității științifice, oferind în același timp un mic tribut animalului meu de companie!”

Madireddy a făcut secvențierea la BioCuriousA laborator comunitar în Santa Clara, California, care pune la dispoziția oricui echipamente avansate pentru o mică taxă de membru.

Și-a depozitat peștele la -80°C în laborator pentru a-și păstra ADN-ul. A petrecut aproximativ o lună pregătindu-se și învățând cum să-l ordoneze.

Secvențierea s-a făcut pe parcursul a două weekenduri cu un mic sequencer realizat de Oxford Nanopore. Aceste secvențiere citesc secvența moleculelor de ADN pe măsură ce trec prin pori mici.

Secvențietoarele Nanopore sunt puțin mai puțin precise decât metodele concurente, dar pot secvenția bucăți individuale de ADN mult mai lungi. Acest lucru face ca software-ul de secvențiere să asambla genomul mai ușor, punând toate aceste piese împreună – ca un puzzle cu piese mai mari și mai puține.

Analiza datelor a durat încă două luni și mult mai multă învățare, spune Madireddy. Datele secvenței au fost introduse o bază de date publică și o scurtă lucrare care descrie lucrarea a fost publicată pe 18 octombrie.

Pește înger într-un acvariu

Pește înger într-un acvariu

H. Schmidbauer/mauritius images GmbH/Alamy

Peștele-înger este originar din bazinul Amazonului și a devenit un pește de acvariu popular în întreaga lume. Genomul său nu a dezvăluit nicio surpriză deosebită, fiind similar cu cele ale peștilor înrudiți.

Secvențierea a costat în jur de 2000 de dolari, spune Madireddy, din care a reușit să strângă aproape 1000 USD prin crowdfunding.

„Cea mai importantă parte a acestui laborator comunitar au fost oamenii pe care i-am întâlnit acolo”, spune Madireddy. „Doi oameni în special, Johan Sosa și Kurt Chang, mi-au fost de mare sprijin.”

„Acesta este un exemplu minunat de spirit curios și de ceea ce pot face tinerii oameni de știință atunci când eliminați barierele tehnologice precum costul și complexitatea”, spune Gordon SangheraCEO al Oxford Nanopore.

Madireddy este un păstor de pește și un biolog pasionat și a lucrat anterior folosindu-se Editarea genelor CRISPR. Îl crescuse pe Calvin din stadiul de ou împreună cu alți pui.

„Restul peștilor înger sunt încă fericiți și sănătoși în acvariul meu”, spune el.

Referința jurnalului: MicroPublication Biology, DOI: 10.17912/micropub.biology.000654

Mai multe despre aceste subiecte:

You might also like